Дом есть, но на другом участке. Собственник имел долю в доме и небольшой участок, потом как-то присоединил ещё один участок к себе ещё в 90-х годах. По итогу долю в доме и небольшой участок имеют один кадастровый номер, а большой участок , который нас заинтересовал свой кадастровый номер. Скажите, пожалуйста, это вообще нормально ?

Дом и участок должны иметь разные кадастровые номера, но это Вам без разницы, поскольку Вам интересен другой участок. Скорее всего, его ВРИ будет ИЖС или ЛПХ в черте населенного пункта. И первое и второе годятся для строительства дома. ВРИ собственник может изменить на применимое в соответствии с классификатором по Приказу Минэкономразвития № 540. Не думаю, что изменять ВРИ обязательно до сделки, достаточно "посмотреть". Но имейте ввиду, что могут быть десятки и сотни иных рисков, которые не на поверхности.

Вспомогательный? А думала что вспомогательный ВПИ идёт дополнением к основному, а основного я не вижу. И как узнать основной тогда ?

Могло быть что угодно, например разделение участка, и основной находится рядом, или оформлено по старым документам. Виды использования участка можно установить или изменить самостоятельно без дополнительных разрешений и согласований . Для этого надо обратиться в Росреестр и внести в ЕГРН сведения об изменении ВРИ.