Здравствуйте. Получатель дохода - самозанятый (собственник квартиры, доверитель). Самозанятые самостоятельно декларируют и уплачивают налог, как при получении дохода от физических, так и от юридических лиц, ИП. В договоре указываются и данные доверенного лица, и того, от чьего имени это лицо действует - доверителя.

юридически значимым является документ с живыми подписями сторон, либо заверенный официально выпущенной эцп. все остальное в той или иной мере потенциально оспариваемо, хотя и допускается по закону (в том числе по эл.почте и тд)

Можно ли подписать договор аренды между собственником и компанией в электронном виде не привлекая доверенного в этот процесс, например, компания отправит собственнику емэйл с подписанным договором на имя и реквизиты собственника, собственник его распечатает, подпишет ручкой, отсканирует и отправит подписанный скан по емэйлу? Такой способ подписания договора является юридически допустимым? Если да, то могут ли возникнуть какие-то сложности с подписанным таким способом договором в будущем?

По запросу бухгалтерии арендатора (юридического лица) самозанятый может выставить счет. Такой обязанности по закону у самозанятого нет. Но если
этого будет требовать арендатор для своей отчетности - функционал приложения «Мой налог» позволяет это сделать. Переменные коммунальные платежи (счетчики) - не доход. Постоянные (напр., сод. и ремонт, если их оплачивает арендатор) - доход. Это нужно учитывать при формировании чека.

Скажите, нужно ли самозанятому ежемесячно выставлять счет компании на оплату аренды и коммунальных платежей?

Стандартные варианты (образцы договоров) можете скачать в разделе «шаблоны». Ваш договор не полностью стандартный, его нужно составлять под вашу сделку. Это работа, которую может выполнить юрист арендатора (сотрудник юр. лица), либо нанятый вами специалист.

Могли бы вы показать образец договора заключаемого в такой ситуации?

если речь идет именно о доверенном лице (а не о субаренде!), то налог платит доверитель. поверенный, неважно физлицо или компания, в данном случае просто прокладка, прокси.
в договоре обычно указывается по формуле: "поверенный (реквизиты), действующий от имени и по поручению доверителя (реквизиты)"